Накладные на покупку товара поступили после его продажи: как это правильно оформить?

Здравствуйте. С гос. организацией есть письменное соглашение о том, что коммерческая организация покупает у неё лес. Есть акт на передачу леса коммерческой организации от гос.организации, но нет товарных накладных и счетов-фактур на этот лес от гос. организации. Гос.организация выдала на реализованный лес накладные с задержкой в два месяца, пока согласовывался договор. Получилось, что коммерческая организация перепродавала лес третьей организации не имея на тот момент приходных накладных на этот лес от поставщика, а приходные накладные пришли от поставщика спустя два месяца. Налоги НДС и налог на прибыль рассчитывались в этот период так, что, НДС в зачёт не брался и себестоимость леса выручку не уменьшала. НДС зачли в том периоде, когда поступил счёт-фактура. Какими документами оформить эту операцию, чтобы было правильно с точки зрения налоговой?